Vi thể chứa các enzyme tham gia vào các giai đoạn khơi mào hoặc trung gian của những phản ứng hóa sinh trong tế bào. Tạo điều kiện bẻ gãy những phân tử chất béo, ancol và amino axit. Nói chung vi thể có chức năng liên quan đến khả năng giải độc peroxit và quá trình hô hấp sáng ở thực vật. Những loại vi thể khác nhau thì có chức năng khác nhau:

Peroxisome

Peroxisome là một loại vi thể có chức năng bẻ gãy những phân tử lớn và giải độc những hợp chất nguy hiểm cho cơ thể. Bào quan này chứa những enzyme như oxidase, có khả năng tạo ra hydro peroxit như một sản phẩm phụ trong những phản ứng đặc hiệu của enzyme này. Trong peroxisome, hydro peroxit có thể bị phân hủy thành nước bởi enzyme catalase và peroxidase.

Glyoxysome

Glyoxysome là những peroxisome đặc biệt tìm thấy ở thực vật và nấm mốc, giúp biến đổi dạng lipid lưu trữ thành cacbohydrat cần thiết cho sự sinh trưởng của thực vật. Trong glyoxysome, axit béo bị thủy phân thành acetyl-CoA bởi enzyme β-oxy hóa. Ngoài những chức năng mặc định của một loại peroxisome, glyoxysome còn sở hữu những enzyme then chốt của chu trình glyoxylat.